上場株券を証券保管振替機構に預託し、株券の受け渡しを簡略化する制度のこと。

上場株券の保管・受け渡しを合理化するために、平成3年から実施されている制度である。
すべての上場株式がこの制度の適用を受けており、投資証券もこの制度の適用をうける。

この制度の仕組みは次のとおりである。

まず、投資家が証券会社で取引口座を開く。
このとき投資家は証券会社との間で「保護預り契約」を結ぶのが一般的である。

次に投資家は証券取引所で株式（投資口）を購入し、株主（投資主）となる。
このとき保護預り契約に基づき、株主（投資主）は、株券（投資証券）を証券会社に預託する。
この預託を証明するために、証券会社には株主（投資主）の「顧客口座簿」を備える。

さらに証券会社は、株主（投資主）から預託された株券（投資証券）を、証券保管振替機構に再預託する。
このとき証券会社は振替機構に参加者口座を開き、この「参加者口座簿」に証券会社の保有する株式等の銘柄・株数が記載される。

このようにして最終的には株券（投資証券）は証券保管振替機構へと預託されるので、振替機構が一括的に管理することとなる。
なおこのとき、株券（投資証券）の券面上の名義人は便宜的に「証券保管振替機構」となる。

その後、株式の売買により株主が変動した場合には、株券自体の受け渡しは行なわれず、証券会社の「顧客口座簿」と振替機構の「参加者口座簿」の記載内容だけが変更される。

このようにして口座上の振替（すなわち帳簿の記載内容の変更）だけで株券の受け渡しと同じ効果を果たすことができるのである。

なお株主（投資主）の住所変更・氏名変更については、上記の保管振替制度を利用している場合には、証券会社への届出を行なう。
従って上場株式会社・上場投資法人への住所変更等の届出はする必要がない。

また株主（投資主）の権利は、上記の保管振替制度を利用したままで行使することができる。
従って、保管振替制度を利用したままで、配当金（分配金）の受取や、株主総会（投資主総会）への出席をすることができる。

また株主（投資主）は、保管振替制度の利用を任意に中止することができる。
この場合には取引する証券会社を通じて、振替機構へ株券（投資証券）の引取りを請求する。
引取り後の株券（投資証券）の保管については、証券会社で保管する場合と、自分で保管する場合がありうる。

保管振替制度をご利用になる場合は、証券会社に顧客口座を開設し、株券をその証券会社を通じて機構へ預託します。

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